Es gibt eigendlich keine guten, sondern nur sehr viele weniger schlechte Möglichkeiten von JFK nach EWR zu kommen.
Die in eurem Fall beste der Schlechten sollte das Bahnsystem sein.
Von T1 JFK nach Jamaika Station (Airtrain JFK Red), Gleiswechel dann zur PennStation, von dort Northeast Corridor Richtung Rahway und in Liberty International Airport Station aussteigen, ggf. mit EWR Flughafenbahn zum richtigen Terminal.
Im optimalen Fall dauert das etwa 80 min.
Dann kommt es sehr drauf an, wann ihr in JFK landet. Zur rush hour am Freitag werdet ihr länger für die Einreise brauchen. Wenn ihr schnell durchkommt kann das mit 4,5 h Umsteigezeit gut klappen.
Bedenkt, das ihr in EWR wieder Einchecken müsst. Security ist dort am späten Nachmittag immer voll, da die Europaflieger rausgehen.
Mit dem Mietwagen habe ich die Tour auch mal gemacht, aber nur weil ich unbedingt mal mit dem Auto durch Manhatten wollte. Nicht zu empfehlen, wenn man unter Zeitdruck steht.
Den Shuttle haben wir in die andere Richtung auch mal genommen, funktioniert auch, ist aber schwer kalkulierbar wie lange der braucht. Muss nur mal eine Brücke oder ein Tunnel gesperrt sein, dann wars das mit Anschluss...
Grundsätzlich würde ich mir zwei oder drei mögliche Zugverbindungen vorbereiten, Tickets ausdrucken und das ganze im Internet "durchprobieren". Versuchen, möglichst wenig Handgepäck im Flieger zu haben um beim und nach dem Aussteigen mobil zu sein, jeden den ihr überholt und der nicht vor euch in der Einreiseschlange steht, bringt 2-3 Minuten...
Dann, für EWR priority zum Ticket dazukaufen um nicht in der längsten Schlange anstehen zu müssen, besser wäre natürlich falls einer TSApre hat - war am Donnerstag nach 5min durch...
ggf auf dem Flug nach JFK Premium Eco dazukaufen, damit ihr schneller aus dem Flieger seid.
ich plane solche Sachen ungern vor, hier würde ich aber auch mal planen..
Ansonsten bleibt der Helishuttle JFK, Manhatten und nach EWR. Mit umsteigen ca. 25 min. Teuer, aber in Style
Good luck to you